合肥光源目前建有11条光束线及实验站，包括6条插入元件线站，分别为燃烧、软 X 射线成像、共振软 X射线散射、催化与表面科学、角分辨光电子能谱和原子与分子物理光束线和实验站；以及5条弯铁线站，分别为红外谱学和显微成像、质谱、计量、光电子能谱、软 X 射线磁性圆二色及软 X 射线原位谱学光束线和实验站。
光束线总体布局如下：
